კორნელი კეკელიძის სახელობის საქართველოს ხელნაწერთა ეროვნული ცენტრის კოლექციებში დაცულია როგორც სასულიერო, ასევე საერო შინაარსის უნიკალური ხელნაწერები. მრავალფეროვანია როგორც კოლექციების თემატიკა, ასევე საწერი მასალა და ხელნაწერი წიგნის ფორმა. ცენტრში ინახება V-VII საუკუნეებით დათარიღებული პალიმფსესტები, შუა საუკუნეების წიგნის ხელოვნების უნიკალური ნიმუშები - მდიდრულად მოხატული და მოჭედილ ყდებში ჩასმული სახარებები, დეკორირებული საზედაო გრაფემებითა და კამარებით შემკული წიგნები, „ვეფხისტყაოსნის", „ვისრამიანის", „იოსებ ზილიხანიანის", "როსტომიანის" და საერო ლიტერატურის სხვა ილუსტრირებული ხელნაწერები, ასტროლოგიური კრებულები, სამედიცინო შინაარსის კარაბადინები და სხვ.

ხელნაწერთა ეროვნულ ცენტრში თავმოყრილია:

• V-XIX საუკუნეების 10.000-მდე ქართული (მათ შორის 4.000-მდე უმნიშვნელოვანესი პალიმფსესტური ფურცელი) და 4.000-მდე უცხოური (არაბული, სპარსული, თურქული, რუსული, სომხური, ბერძნული, ფრანგული, გერმანული, ლათინური, ებრაული, პოლონური, ინგლისური, ჩეხური, სირიული, ეთიოპიური, მონღოლური და სხვ.) ხელნაწერი;
• IX-XIX საუკუნეების 40.000-მდე ქართული და 5.000-მდე უცხოენოვანი ისტორიული დოკუმენტი;
• ქართველ მწერალთა და საზოგადო მოღვაწეთა პირადი არქივები, მათ შორის ილია ჭავჭავაძის, ვაჟა-ფშაველას, ივანე ჯავახიშვილის, ექვთიმე თაყაიშვილის, შალვა ამირანაშვილისა და სხვათა არქივები;
• გრიგოლ წერეთლის უნიკალური პაპირუსების კოლექცია.